1985年，本館創辦人林清富先生（以下簡稱「創辦人）基於關懷台灣鄉土之情，以其父—「順益企業」創始人林迺翁先生之名，成立「財團法人林迺翁文教基金會」。基金會關注台灣社會及文化發展，積極投入社會公益、贊助學術研究並提供獎學金，鼓勵向學。

創辦人受父母親大力支持李梅樹教授修復三峽祖師廟計畫啟迪，對文化藝術心生嚮往之情，從1970年代起，便陸續收藏台灣原住民族文物及台灣美術畫作。在基金會成立後，更以保存、推廣台灣文化與藝術之志，積極籌設博物館。1994年6月，以創辦人捐贈的八百多件原住民文物為基礎，本館正式開館營運。籌建期間及開館後，本館也持續進行田野調查及研究工作，蒐藏相關之文物，或自海外購回，或接受民間收藏人士捐贈，至今已有二千餘件藏品。

保存、展示及推廣台灣原住民文化是本館不變的使命。館內常設展也忠實地呈現了台灣原住民族豐富的物質文化。此外，為尊重原住民族對自身文化的詮釋權，本館以與單一族群部落合作的方式，每年舉辦一次「與部落結合」特展，提供原住民族文化展演場域，使博物館成為多元文化的發聲管道。

本館參觀資訊：http://www.museum.org.tw/