海關成立於清咸豐4年(1854年)，百餘年來，海關除具豐裕國庫的財政功能及促進經濟發展的經濟功能外，並兼具查緝不法、維護社會安全的社會功能。為使記錄海關成長的文物得以永續保存，民國76年(1987年)乃有研議設立海關博物館之構思，遂成立海關博物館籌備小組，歷經10年，民國85年(1996年)新建海關大樓落成，同年11月14日海關博物館與海關大樓同時剪綵啟用，開放社會大眾免費參觀。為期耳目一新，於民國105年(2016年)3月重修海關博物館大廳，提供海關同仁與民眾一個更完善的海關知識之旅。