十三行博物館的成立，起因於1990年十三行遺址的搶救發掘事件。當時政府欲興建污水處理廠，廠址即位於遺址所在地，考古學者大力呼籲搶救遺址，獲得社會大眾熱烈的迴響，因而保留部分遺址，指定為國家二級古蹟，現已為國定遺址。於1992年奉行政院核定，由當時的臺北縣政府負責籌設十三行博物館，以保存展示十三行遺址出土文物，於2003年4月24日開館營運。