歷史為全民共同記憶，文物乃前人智慧結晶；族群發展取決於歷史之厚實，游子魂縈故里則以文物為憑依。

馬祖本海上之荒島，宋代以來即見閩東漁人涉險汎淀於此，其後漸成聚落。先民雖胼手胝足，耕海為田，而隨身遷移之禮制民情，卻猶見中原古風。民國三十八年，馬祖因海峽風潮而成海上長城。國軍轉進，開物成務，建設鴻猷，肇建此時。民國四十五年為因應軍事所需，地區實施戰地政務，三分軍事，七分政治，將本地建構成軍事民政雜揉之特殊風貌。

整軍經武之後，民生條件轉佳，教育普受重視，惟傳統文化卻因鄉賢徂落而呈花果飄零。地區政府有鑑於此，於民國六十三年建請軍方撥移清水村庫房壹座，草創馬祖歷史文物館。體制因陋就簡，了無規模可言。民國七十二年雖於原址重修，但仍屬雛形，不惟空間狹隘，基本維護設施更付闕如，文物殃劫，令人扼腕。民國八十一年，還政於民，戰地神秘面紗漸褪色。原鄉文物對社教的功能、根源之探尋、向心力之擬聚、精神生活之陶冶，深受各界之重視。民國八十六年，曹前縣長常順先生乃指示教育局積極規畫，並向中央爭取經費。次年劉立群先生接掌縣政，成立馬祖民俗文物館籌備委員會，建館工作於焉展開。期間劉縣長全程參與，鉅細靡遺，評估與商確再三，遂成定案。建物由黃長美建築師事務所擘畫設計，採閩東建築式樣，以高低錯落自成聚落形態，由點、線、面、體之結合，突顯地區文化特質，並兼具展覽、會議、多媒體視聽教學之等功能。本館由瑞山營造事業有限公司承造，造價新台幣壹億柒仟貳佰萬元，由行政院文化建設委員會全額輔助。民國八十八年一月十九日興工，民國九十一年三月二十五日竣工。

落成之日，緬懷前人開山啟林之功，並感戴各界鼎助玉成，不揜祖先義勇之德，特勒石為記，以垂淵長。