籌建博物館之初，創辦人林清富先生原欲以自己收藏的原住民族文物及台灣美術畫作為基礎，建立一綜合型博物館，同時展示、保存及推廣台灣原住民族文化及台灣美術。可惜，館舍預定地空間無法完整呈現兩種在論述及展示方式上，截然不同的收藏。加以當時台灣尚未有「私立」的原住民博物館，且原住民文化也正面臨流失、斷層的危險，因此先行設立本館。而台灣美術畫作仍為本館典藏品，不定期以特展或出版品方式，與公眾分享，推廣美術教育。

本館有兩大類藏品：台灣原住民族文物以及台灣美術畫作。未來仍將以保存台灣原住民族文化及論述台灣美術發展脈絡為目標，持續蒐藏、研究，累積藏品的深度及廣度。

目前，本館收藏有台灣原住民族文物1,688件。以排灣族的件數最多，阿美族次之，第三則為泰雅族。藏品包含服飾、生產工具、信仰與儀式、飲食、居處生活、屋舍建築、交通運輸、武器防禦、工藝藝術、娛樂玩具、樂器、嗜好品及照片影像等類別。其中有13組件的藏品於2016年由台北市政府公告為台北市一般古物。

在台灣美術畫作方面，本館共藏有388件畫作，以油畫件數最多，其他另有水彩、水墨、膠彩、版畫及素描等媒材。典藏之藝術家包含將水彩、油畫帶入台灣的石川欽一郎、鹽月桃甫以及多次擔任台灣美術展覽會審查委員的梅原龍三郎等日籍畫家的作品。順從此一脈絡發展，也典藏其學生或有師生情誼的台灣前輩畫家，如倪蔣懷、陳澄波、陳植棋、藍蔭鼎、李石樵、李梅樹、李澤藩及「台展三少年」—林玉山、陳進及郭雪湖之作品。2016年，本館有12件畫作，由台北市政府公告為一般古物。

本館《見圖思情—順益台灣原住民博物館典藏繪畫專輯》下載： http://www.museum.org.tw/10_20170314/ebook_big5.exe