由於旗山許伯夷先生有意捐贈成大大批歷史文物，當時之成大翁前校長政義與翁副校長鴻山期望結合校內現有的收藏，包括機械系顏鴻森教授之機械與科技文物；地科系、資源系之化石、礦物標本；生物系之動植物標本；歷史系之歷史文物；建築系之古建築構件；文學院之字畫等藏品，規劃成一兼具自然與人文特色之綜合博物館，並由前副校長翁鴻山召集籌組博物館籌設小組，以推動博物館設置之構想。

民國八十八年七月七日博物館籌設小組正式成立，由本校相關專業之教師擔任博物館籌設推動小組委員、顧問與執行小組委員，聘其自民國八十九年二月一日起，不另支領津貼。籌設推動小組委員成員包括召集人翁前副校長鴻山教授、當年之教務長李建二教授、總務長何東波教授、文學院長涂永清教授、機械系顏鴻森教授、地科系余樹楨教授、生物系麥愛堂教授與建築系徐明福教授。籌設推動顧問包括歷史系蔡茂松教授與當年之台南市文化局長與本校歷史系蕭瓊瑞教授。執行小組委員包括中文系林朝成教授、歷史系陳信雄教授、歷史系丁煌教授、歷史系何培夫副教授、藝研所石光生教授、藝研所高燦榮教授、建築系黃步青副教授與副總務長暨建築系陳長庚教授。博物館籌設小組以規劃安置與設計展示許伯夷先生捐贈之部分珍藏為主要任務，並積極推動博物館為校內ㄧ級單位之設置工作。

初秋，許伯夷先生慷慨致贈本校珍貴文物共計2262件，包含石雕、木竹器、戲偶、陶瓷器皿等珍貴文物。同年成大博物館籌備推動小組策劃了兩場展覽活動，一為「風華再現—伯夷山莊文物捐贈展」，以台灣近代陶瓷、宗教祭祀、掌中與傀儡戲偶、傳統傢俱、石雕為五大展覽主題，二為配合伯夷山莊文物捐贈展，與奇美博物館合作，展出「奇美歐洲近代文物展—西洋傢俱」特展，兩展相互輝映。

年底博物館舍以具歷史意義之成功校區日治時期舊行政中心宏偉現址，做為博物館籌備處暨展場空間。民國九十四年春，成大博物館籌備處正式成立，籌備處召集人歐前副校長善惠特邀本校設計規劃學院院長徐明福教授、藝研所石光生教授、歷史系陳信雄、歷史系蕭瓊瑞四位教授，四位教授帶領專業研究團隊，精選並深入研究許伯夷先生捐藏文物中之木雕、偶戲、陶瓷和石獅等專題共計516件典藏品，以「天工四響—成大博物館伯夷山莊捐贈文物展」呈現研究成果，並以博物館專業展示方式，呈現給校內外愛好人士，並將研究成果彙成專書出版。

歷史系蕭瓊瑞教授擔任館備處主任時期，所推出的展覽有國立文化資產保存研究中心、台南市傳統藝術薪傳學會合辦的「文化行春:2006年台灣傳統藝術文化行春」、「 穿越時空記憶-成大校園古蹟與歷史巡禮」、「林徽音紀念展」等，後來由前台南市文化局長，本校歷史系蕭瓊瑞教授擔任籌備處主任時期，為本校七十五週年校慶推出「常民生活之美」、「回溯國姓爺的足跡」、「成大的美麗與哀愁」等特展。博物館籌備處時期致力於積極培訓志工，更積極與台南中小學合作，推動學生校外參觀學習的風氣。

十一月十一日，成大博物館正式成立，由本校機械工程系顏鴻森教授擔任館長，配合本校七十六週年校慶活動，推出「世代傳動:成大古早手動機構模型展」、「走入蘇雪林教授的書房」、「理性的刻度-成大二三事」等特展。