動物學組自創館以來即開始蒐藏標本，當時蒐集的標本多以「展示」為主，目前則轉為以「蒐藏」為主。蒐藏的標本類別為鳥類、哺乳類、爬蟲類、兩棲類、甲殼類、昆蟲類、植物類等七類，目前共計 32,053 件標本，其中以鳥類及哺乳類動物的蒐藏最豐富，這些標本中有許多現在已經難得一見或瀕臨絕種的動物，更包括臺灣產的特有種或特有亞種，及列入保育類名錄的動物，例如臺灣雲豹、水獺、黑長尾雉、藍腹鷴、寬尾鳳蝶等，這些標本在臺灣生物多樣性或動物相的研究上，具有不可或缺的學術性價值。

由於蜥蜴亞目與蛇亞目皆為爬蟲類,所以將藏品合併展示。

[計畫列表]

年度	子計畫名稱	經費來源
93	國立臺灣博物館館藏哺乳類標本典藏數位化計畫	國科會
94	國立臺灣博物館館藏蜥蜴亞目標本典藏數位化計畫	國科會
95	國立臺灣博物館館藏蛇亞目標本典藏數位化計畫	國科會
98	國立臺灣博物館館藏甲殼類標本典藏數位化計畫	國科會
99	國立臺灣博物館館藏甲殼類標本典藏數位化計畫II	國科會
100	國立臺灣博物館館藏甲殼類標本典藏數位化計畫III	國科會